Wat is faagtypering?

Phage Consultants (PC) levert een aantal van de meest uitgebreide diensten ter wereld voor het opsporen van bacteriofagen (fagen) en profagen in een breed spectrum van bacteriële gastheren.

Als gespecialiseerd laboratorium en wereldwijd expert op het gebied van fagen, dat toegang heeft tot het volledige arsenaal van bacteriofagen, is PC bijzonder goed geplaatst om faagtypering uit te voeren – waarbij bacteriofagen worden gebruikt om bacteriestammen te identificeren en de bron van uitbraken van bacteriële infecties of besmettingen op te sporen.

Wat is faagtypering?

Bij het zoeken naar een zinvolle definitie van faagtypering moet worden begrepen dat bacteriofagen twee mechanismen gebruiken, lytische en lysogene. Bij het eerste injecteert de faag zijn genoom in de cel, waardoor deze een broedplaats wordt voor andere fagen en de gastheer wordt vernietigd. Bij lysogene werking wordt het geïnjecteerde genoom van de faag opgenomen in het DNA van de cel, waardoor deze verandert in een profaag die nakomelingen zal voortbrengen wanneer de voortplantingsomstandigheden gunstig zijn.

Bovendien zijn deze bacteriële virussen zeer specifiek: sommige fagen kunnen slechts één enkele bacteriestam infecteren.

Daarom, als een gazon van onderzochte bacteriën wordt verdeeld in een raster met elke zone bezaaid met een panel van verschillende types van lytische fagen, zal observatie van welke van de regio’s van het panel duidelijke zones vertonen de identiteit van de bacteriestam onthullen. Deze faagspecificiteit (welke groepen fagen een bacteriestam wel of niet kunnen lyseren) kan worden gebruikt om de bacteriën te classificeren per faagtype, een nummer met als prefix DT of PT.

Toepassingen van faagtypering

Microbiologen gebruiken faagtypering om de verwantschap van bacteriesoorten te bepalen. Met name faagtypering biedt een snelle en goedkope aanpak voor de epidemiologische surveillance en de identificatie van de infectiebron bij uitbraakonderzoek.

Bacteriofaagtesten vormen al lang de gouden standaardmethode voor de surveillance van Salmonella Typhimuriumof en Salmonella Enteritidis. Dit systeem kan bijvoorbeeld meer dan 300 definitieve DT’s onderscheiden van S. Typhimurium op basis van hun lysispatronen voor een panel van Salmonella-fagen.

Faagtypering wordt ook algemeen gebruikt voor Escherichia coli (E. coli), de bacteriesoort die deel uitmaakt van de normale darmflora in de darmen van mens en dier en die bijzonder gevoelig is voor een aanval door T-faagvirussen, zowel “T-odd”-fagen zoals T1 of T7, als, in mindere mate, “T-even”-fagen zoals faag T2.

Evenzo is faagtypering de meest algemeen erkende typeringsmethode voor Staphylococcus aureus en wordt ook nog steeds veel gebruikt voor het onderverdelen van serotypen van Pseudomonas aeruginosa.

Faagtypering blijft een levensvatbaar alternatief voor genotypische technieken op laboratoriumbasis, zoals geclusterde regelmatig geïnterpereerde korte palindroomherhalingen (CRISPR), genoomsequencing, enz. die in sommige toepassingen worden gebruikt, met name bij de controle van contaminatie in bioprocessen.

Faagtypering van bacteriën vereist een uitgebreid panel van verschillende fagen, aanzienlijke technische expertise en een zorgvuldige controle van de testomgeving. Phage Consultants is een van de weinige laboratoria in de wereld die over al deze eigenschappen beschikt, alsmede over de middelen, faciliteiten en het opgeleide personeel dat het in staat stelt faagtypering uit te voeren voor elk type industriële toepassing of bioproces.

Bronnen

Klik op Gematigde faag infectie om de animatie te zien die het werkingsmechanisme illustreert.
Klik op Draadvormige fagen om de animatie van het werkingsmechanisme te zien.
Klik op Virulente faaginfectie om de animatie te zien die het werkingsmechanisme illustreert.

TRENDING WHITE PAPER

Bacteriofaagbesmetting: is er een eenvoudige methode om de schadelijke effecten ervan in laboratoriumculturen en biotechnologische fabrieken te beperken?

Een gazonkweek met een diameter van 10 cm van bacteriën die zijn besmet met bacteriofagen, met gevlekte “plaques” waar de bacteriën zijn gedood door het faagvirus

Misschien bent u ook geïnteresseerd in de volgende onderwerpen